Die Gemeindebehörde ist die Exekutive der Politischen Gemeinde Bottighofen. Sie vertritt die Gemeinde nach aussen und vollzieht die Gesetze von Bund und Kanton sowie Beschlüsse der Gemeindeversammlung. Die Gemeindebehörde, welche aus fünf Mitgliedern (Gemeindepräsident eingeschlossen) besteht, wird von den Stimmbürgerinnen und Stimmbürger für eine Amtsdauer von vier Jahren gewählt. Die Aufgaben der Gemeindebehörde sind in der Gemeindeordnung geregelt. Gleichzeitig ist sie die Flurkommission. Jedes Behördenmitglied ist für einen bestimmten Aufgabenbereich (Ressort) zuständig.

Mitglied mit beratender Stimme und Protokollführer ist der Gemeindeschreiber: Pascal Lüthy